表观遗传学

概述

通过不改变DNA序列的化学修饰影响基因表达。

表观遗传变化,例如DNA甲基化和组蛋白修饰,代表调节DNA转录的可遗传信息层。在许多生物中,这些变化对于了解基因调节和表达至关重要。表观遗传失调,例如DNA(CpG)的甲基化,组蛋白的修饰,微稻草阻断翻译的结合,通过短暂干扰RNA(siRNA)的转录后沉默,并通过非编码RNA(NCRNA)改变染色质结构的改性有几种疾病,包括癌症。表观生物学研究可以揭示表达表型,X-染色体灭活和转录误差的变化。

表观遗传分析

基于阵列的和下一代测序(NGS)的基础方法用于研究表观遗传修饰。有三种基于NGS的常见方法可用于表观遗传分析:甲基-SEQ,芯片-SEQ和ATAC-SEQ。

Methyl-seq用单核苷酸分辨率研究基因组的甲基化状态。该方法采用亚硫酸氢盐处理,将胞嘧啶残留物转化为尿嘧啶,而甲基化残基被未改性。已经开发了几种甲基-SEQ策略,包括全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和降低的代表亚硫酸氢盐测序(RRB),其丰富了CPG岛。

ChIP-seq将染色质免疫沉淀(芯片)与NGS结合在一起以鉴定整个基因组的DNA相关蛋白的结合位点,并且通常用于映射组蛋白修饰和转录因子。该方法依赖于靶向抗体选择,以丰富与特定蛋白质结合的DNA片段。

ATAC-SEQ.,这是一种转座酶可达性染色质测序的分析,确定染色质可达性区域,并绘制DNA结合蛋白,以确定活性启动子、增强子等独联体- 调节元素。通过允许产生少于50,000个细胞的测序文库,该方法转化了基因调节的分析。

由于表观遗传分析往往涉及超低输入DNA,所以从有限的材料的高质量文库的构建至关重要。Roche测序解决方案有许多解决方案设计用于目标浓缩,图书馆准备和用于表观工作流程的优化图书馆质量。SEQCAP®EPI靶富集试剂盒使得能够用单一基本分辨率来富集DNA甲基化评估的靶标。该KAPA HyperPrep工具包非常适用于芯片SEQ和甲基-SEQ应用,因为它能够更高的适配器连接文库和较低的放大偏压。这转化为更高的库多样性,更低的复制率和更均匀的覆盖,特别是对于低输入样本。对于甲基 - SEQ研究,Kapa Hifi Uracil +热启动DNA聚合酶由于其对尿嘧啶残基的耐受性,对双硫酸化转化文库的扩增至关重要。KAPA HiFi热启动ReadyMix可用于ATAC-seq和ChIP-seq库的扩增,以提供改善序列覆盖和减少偏置。

*文件上的数据。

特色网络研讨会

超低输入样品的表观凸元分析的优化库生成I

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