表观组织

不影响DNA序列的重要遗传改变

与诸如SNP,诱导和结构重新安排的遗传变体不同,表观遗传修饰影响基因表达,调节和/或功能而不改变底层DNA序列。表观遗传机制让细胞通过改变表型而没有基因型的变化来响应它们的环境。表观遗传修饰是遗传,通常是可逆的,并在人类发展,健康和疾病中发挥关键作用。主要的表观遗传机制是DNA甲基化,染色质修饰(例如组蛋白乙酰化和脱乙酰化),以及非编码RNA(特别是微RNA)。1,2

用于研究表观遗传修饰的NGS方法

表观囊肿侧重于对外观蛋白组的分析,或特定细胞或生物体中的所有表观遗传修饰。虽然已经研究了几十年的表观遗传变化的分子基础,但是2高通量,下一代测序测定法具有表观型研究,较旧的分子技术不可能。3.

  • 现在使用亚硫酸氢盐测序(也称为甲基-SEQ)宽泛地研究DNA甲基化,其中通过在测序之前通过亚硫酸氢盐处理将非甲基化胞嘧啶残基转化为尿嘧啶。存在各种甲基-SEQ技术和协议。这些包括全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS),靶向亚硫酸氢盐测序,降低的表示亚硫酸氢盐测序(RRB),以及最近的单细胞亚硫酸氢盐测序(SCB)。3.
  • 使用各种技术研究了染色质修饰。通常使用芯片-SEQ分析组蛋白修饰,其中染色质免疫沉淀之后是NGS。可以使用基于核酸酶的测定,例如DNASE-SEQ和MNASE-SEQ来研究染色质可移性;Faire-SEQ(甲醛辅助孤立的监管要素)4.;或基于转座子的ATAC-SEQ。5.

NGS样品准备用于表观囊肿

表观组织研究中使用的方法在收集样品的方式方面变化非常广泛,如何分离出感兴趣的核酸,以及文库如何为NGS制备。这些方法在很大程度上具有共同的两件事:非常低量的感兴趣的核酸通常可用于文库制剂,并且在图书馆施工过程中需要一种或多种PCR扩增步骤。用于亚硫酸氢盐转化和交联的化学方法是破坏性的,并使PCR扩增特别具有挑战性;通过显着增加模板的含量,或引入单链和双链脱落,交联和脱脂位点以及其他分子损伤。由于这些原因,需要高效的扩增酶和文库制备方法来将珍贵的输入DNA转化为测序准备的文库。罗氏样品预备解决方案提供工程酶和经过验证的图书馆准备套件,允许您成功地处理更多样本,从而从每个样本获取更多信息,并优化您的测序资源。

  1. Tollefsbol T.翻译外观遗传学,人类疾病的表观症。第2版​​。伦敦:阿学术出版社,2018年。第1章Doi.org/10.101016/B978-0-12-812215-0.00001-7。
  2. https://www.whatisepigenetics.com/fundamentals/。获得2019年1月。
  3. masser dr等。老化研究中DNA修饰分析。bob下载地址Geroscience.2018; 40:11。doi.org/10.1007/S11357-018-0005-3。
  4. 毛茸茸的Ts。CHIP-SEQ及更大:用于检测和表征蛋白质DNA相互作用的新的和改进的方法。NAT。遗传。2012; 13:840。DOI:10.1038 / NRG3306。
  5. Buenrostro JD等人。天然染色质的转子用于开放染色质,DNA结合蛋白和核小体位置的快速敏感表观型分析。NAT。方法2013; 10:1213。DOI:10.1038 / nmeth.2688